一是计息付息方式不同。凭证式购买当天起息，到期一次还本付息，不计复利，逾期不加计利息；电子式发行期首日起息，按年付息，如果把每年收到的利息再投资国债或理财产品，电子式国债到期总收益高于同期限凭证式国债。
　　二是购买和兑付的程序不同。从购买程序看，凭证式国债持现金或个人银行存款到商业银行网点即可购买，无需开户；电子式国债需开立个人国债账户并指定对应的资金账户后，通过柜台或网银购买，对选择网银或一次开户后多次购买的客户为更好的选择。从兑付程序看，凭证式国债须持国债收款凭证前往柜台办理兑付；电子式国债到期后无需前往柜台办理，本息资金自动划入投资者资金账户，逾期按活期利率加记利息。
　　三是债权记录方式不同。凭证式国债要填制统一制式的“凭证式国债收款凭证”，由购买人自行保管；电子式国债采用电子方式记录，投资者拥有的储蓄国债明细债权，可以通过电话复核查询债权。